Tiene como objetivo principal la difusión de las prácticas curativas tsotsil-tseltal en el estado de Chiapas. Formado por una diversidad de ambientes museográficos que recrean los usos de esta medicina tradicional, además de la práctica y recursos terapéuticos utilizados por los Jilol (pulsador), Koponej witz (rezador de los cerros), Tzakbak (huesero), Jvetome (partera) y Acvomol (hierbero). El discurso museográfico se desarrolla mediante seis ambientes o salas y un huerto demostrativo, que contiene un número importante de plantas medicinales. En 1998 el Museo de la Medicina Maya recibió el Premio Nacional de Museografía Miguel Covarrubias, por parte del Instituto Nacional de Antropología e Historia.